Depuis le 15 novembre 2020, le Grand Orient de Belgique se compose de Fédérations de Loges masculines, de Loges mixtes et de Loges féminines. Chaque Loge étant libre et souveraine au sein de sa fédération. e La structure de l’Obédience est  en essence démocratique et se compose des éléments suivants.

Le Conseil de l’Ordre est composé de membres élus tous les 3 ans par la Haute Assemblée. Il est présidé par un Grand Maître National. Ce Conseil est chargé de la gestion journalière de l’Obédience et assure la liaison permanente avec les Loges et les autres Obédiences belges ou étrangères.

Les Grands Collèges des Fédérations sont composés des Vénérables Maîtres (présidents des Loges) auxquels se joignent les membres du Conseil de l’Ordre. Ils assistent le Conseil de l’Ordre dans ses tâches.

La Haute Assemblée du Grand Orient de Belgique est composée des députés élus par les Loges souveraines et des membres du Conseil de l’Ordre. Elle est l’organe souverain de l’Obédience.

Le Grand Orient de Belgique fonde son existence et son organisation sur des Statuts et Règlements Généraux que chaque membre de l’Obédience,  indépendamment de ses qualités ou fonctions, s’engage à respecter scrupuleusement.

En préambule à ses Statuts, la Haute Assemblée  des maçons du Grand Orient de Belgique réaffirme solennellement le caractère initiatique de l’Ordre maçonnique et fonde la communauté de vie des maçons du Grand Orient de Belgique sur les principes de la liberté absolue de conscience, de tolérance et de respect des minorités, dans la volonté de réunir ce qui est épars et de diffuser l’idéal de progrès individuel et de progrès de la société humaine auquel les maçons de l’obédience restent fermement attachés.

A l’extérieur du Temple, dans la volonté d’assurer la libre expression de la pensée humaine, la Haute Assemblée du Grand Orient pose comme ultime devoir à l’obédience l’honneur de sauvegarder toujours, en dépit de toutes les menaces ou contraintes, les aspirations fondamentales des hommes à la liberté, à l’égalité et à la fraternité